Perón llegaría a la presidencia, por vía democrática, y confirmó al Dr. Carrillo al frente de la Secretaría de Salud Pública, que posteriormente se transformaría en el Ministerio de Salud Pública y Asistencia Social de la Nación. Además de acompañarse con Chichilnisky, Carrillo quiso llevar como su segundo a su gran amigo y compañero de estudios médicos el científico Braulio Moyano, uno de los mejores discípulos de Christofredo Jakob, pero Moyano se sintió incapaz de servir a la sociedad desde semejante rol y prefirió permanecer como científico. Quien a tal fin abandonó la ciencia y dejó el hoy hospital Borda fue, en cambio, un discípulo de Moyano y hermano del flamante ministro, el Dr. Santiago Carrillo. La esposa de Perón, "Evita", coordinó su accionar con el de Carrillo y contribuyó a consolidar su obra técnica.
Difícil es enumerar la prolífica obra del Dr. Carrillo frente a esta cartera. Llevó a cabo acciones sin parangón hasta nuestros días.
Aumentó el número de camas existentes en el país, de 66.300 en 1946 a 132.000 en 1954. Erradicó, en sólo dos años, enfermedades endémicas como el paludismo, con campañas sumamente agresivas. Hizo desaparecer prácticamente la sífilis y las enfermedades venéreas. Creó 234 hospitales o policlínicas gratuitos. Disminuyó el índice de mortalidad portuberculosis de 130 por 100.000 a 36 por 100.000. Terminó con epidemias como el tifus y la brucelosis. Redujo drásticamente el índice de mortalidad infantil del 90 por mil a 56 por mil.
Todo esto, dando prioritaria importancia al desarrollo de la medicina preventiva, a la organización hospitalaria, a conceptos como la "centralización normativa y descentralización ejecutiva". Esta nada tiene que ver con la descentralización que solo responde a fines meramente económicos impuestos por los mercados. Carteándose con Norbert Wiener, el llamado "creador de la cibernética", Carrillo la aplicó al arte de gobernar con el nombre de cibernología, creando un Instituto de Cibernología o Planeamiento estratégico en 1951.
Numerosos autores coinciden en que el legado más importante que dejó el Dr. Carrillo fueron las ideas, principios y fundamentos que acompañaron este accionar.
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